トップをねらえ!科学講座 4話（本編第1-4話までの各話の最後に収録のミニコーナー）　　新・トップをねらえ!科学講座 2話（ - 『オカエリナサイ 』に収録された映像特典、鶴巻和哉第1回監督

神秘的 零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了 底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。　　在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版： 》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。